La scoperta di Danakilia franchettii nei ruscelli termali che alimentano il Lago Afrera in Etiopia e la sua successiva descrizione sono rimasti fatti isolati per oltre 80 anni. Le molte speculazioni scientifiche sulla sua origine e le sue parentele tassonomiche non hanno portato a molto per la mancanza di dettagli biologici e molecolari e la specie è stata considerata come una stranezza africana isolata fino alla scoperta nel lago Abaeded, un lago vulcanico eritreo, di una seconda specie morfologicamente differenziata che venne descritta nel 2010: Danakilia dinicolai.
La recente esplorazione della Depressione Dancala ha portato alla scoperta di nuove popolazioni del genere Danakilia e del genere Aphanius e alla definizione di nuovi scenari sull'evoluzione dell'area e della sua ittiofauna.