Per quanto riguarda i dipinti murali, sui quali era stata rilevata la presenza di depositi atmosferici e di un attacco biologico diffuso, si è intervenuto, sottolinea la relazione tecnica, «sullo sfarinamento della pellicola pittorica e sulla deadesione della stessa dal sottostante intonaco», mentre sulle statue è stata effettuata una operazione di pulitura, con la rimozione dei depositi superficiali e delle incrostazioni, nonché «la microstuccatura a livello delle piccole lacune superficiali con successiva velatura a neutro acquerello».
La cappella narra l’episodio con San Francesco che ottiene l’indulgenza della Porziuncola ed è stata realizzata a partire dal 1607. La decorazione pittorica risale al 1616 ed è opera di Pier Francesco Mazzucchelli detto «il Morazzone», già coinvolto nella decorazione di tre cappelle del Sacro Monte di Varallo e della Flagellazione al Sacro Monte di Varese.
All’interno, il gruppo scultoreo in terracotta rappresenta la scena in cui san Francesco, al cospetto di Gesù e della Vergine, chiede l’indulgenza della Porziuncola; viene realizzato nel 1617 da Cristoforo Prestinari. Sue sono anche le statue (la Vergine, due Figure allegoriche) che ornano la facciata e il portico esterno, realizzate però in marmo. Ogni anno, in occasione della ricorrenza della Madonna degli Angeli, all’interno della cappella veniva celebrata una messa molto partecipata nel corso della quale veniva concessa l’indulgenza plenaria; tale ricorrenza si ripete ancora oggi ogni 2 di agosto, festa del Perdono di Assisi.